С целью оперативного контроля за текущей деятельностью исполнительного органа все банки создают службу внутреннего аудита, которая подотчетна и подчинена правлению банка. Ее полномочия и порядок работы определяются соответствующим положением о внутреннем аудите, утвержденным исполнительным органом банка.

На службу внутреннего аудита возложено выполнение следующих функций:

- надзор за текущей деятельностью банка;

- контроль за соблюдением действующего законодательства, нормативно-правовых актов НБУ и решений органов управления банка;

- проверка результатов текущей финансовой деятельности банка;

- анализ информации о деятельности банка, профессиональной годности и соблюдении полномочий должностными лицами банка;

- разработка и предоставление высшему органу управления банка выводов и предложений по результатам проверок;

- другие функции, связанные с надзором и контролем за деятельностью банка.

Коммерческие банки с негосударственной формой собственности по решению общего собрания участников создают наблюдательный орган для общего руководства работой банка и контроля за работой правления (совета директоров) и ревизионной комиссии. Таким органом является наблюдательный совет, который защищает интересы акционеров в перерыве между проведением общих собраний. Совет решает стратегические задачи управления и развития банка, руководствуясь действующим законодательством и нормативными актами НБУ.

Организационная структура коммерческого банка включает функциональные службы и подразделения, каждый из которых выполняет определенные операции и имеет свои права и обязанности. Основным критерием организаций построения банка является экономическое содержание и объем операций, которые он выполняет. Департаменты, управления или отделы (в зависимости от объема операций и масштабности самого банка) формируются согласно классификации отдельных банковских операций или их групп по функциональному назначению, поэтому их количество и конкретное название в различных коммерческих банках могут быть неодинаковыми. Так, в структуре крупнейших банков Украины основное функциональное звено - департаменты, отдельные из которых состоят из управлений и отделов. Однако чаще структурной единицей в большинстве отечественных банков является управление.

Функциональная структура коммерческого банка формируется с учетом главных операций, поэтому в каждом банке она специфически.